Los sucesos políticos del 18 de octubre, llevaron al centro a una crisis económica y sólo en 1948, cuando Apolodoro Chirinos fue gobernador del estado, se construyó el local decretado por Cuenca, y se reorganizó el centro, por decreto del 1 de febrero de 1949, instalándose el 16 del mismo mes, con Abraham Belloso como presidente, Aniceto Ramírez y Astier como secretario y Alberto Urdaneta como director del Boletín. 

Así transcurrieron los años, mientras algunos de sus miembros fallecían y eran reemplazados por otros.

Rafael Urdaneta (1945), Abraham Belloso (1949-1955), Héctor Rodríguez Boscán (1955-1959), Hercolino Adrianza Álvarez (1959-1962 y 1962-1965), Pedro A. Barboza de la Torre y Nerio Belloso (1974-1976). 

Desapareció por decreto del Dr. Omar Baralt Méndez, del 24 de octubre de 1976, para dar paso a la Academia de Historia del Estado Zulia por decreto número 113, el cual declaró insubsistente al Centro Histórico del Zulia. 

Está constituida por los miembros de número, que fueron 21 en su instalación pero se aumentaron más tarde a 25, los miembros honorarios y los miembros correspondientes. 

Tiene como sede natural la Casa de la Capitulación de Maracaibo y se rige por una Ley sancionada por el Consejo Legislativo del estado Zulia de fecha 4-11-2008 y promulgada el 24 de enero de 2009, publicada en la Gaceta Oficial número 1.291 Extraordinaria del Estado Zulia, de fecha11 de marzo de 2009; y su Reglamento aprobado en 2016. 

Como reza en su artículo primero de la Ley la Academia pasó a ser “una corporación de derecho público, con personalidad jurídica, patrimonio propio, autonomía académica, organizativa y funcional”. 

Su junta directiva, formada por 5 miembros, se elige cada dos años, así como sus comisiones permanentes y sus distintas categorías de miembros. 

Posee un Boletín que es el órgano oficial, biblioteca y archivo. 

Su objetivo fundamental consiste en el estudio del origen del pueblo zuliano, sus tradiciones, los hechos resaltantes del pasado y del presente, sus valores humanos, con la finalidad de reforzar y actualizar el acervo histórico y geográfico de la región. 

Fue la primera, y por varios años la única, academia del interior del país. En ella se han integrado la gran mayoría de los historiógrafos y cronistas que se han dedicado al estudio histórico en el Zulia. 

Han ocupado su presidencia: Nerio Belloso (1976), Manuel Matos Romero (1977-1979), Ángel Emiro Govea (1979-1981, 1987-1989, 1989-1991 y 1991-1993), Guillermo Ferrer (1981-1983), cuyo período fue concluido por Pedro Alciro Barboza de la Torre (1981-1983 y 1983-1985), Orlando Arrieta Meléndez (1985-1987), Kurt Nagel Von Jess (1993-1995 y 1995-1997), Gastón Montiel Villasmil (1997-1999), Orlando Arrieta Meléndez (1999-2001), Hermann Petzold Pernía (2001-2003), Ernesto García MacGregor (2003-2005), Vinicio Nava Urribarrí (2005-2007), Tito Balza Santaella (2007-2009), Julio Portillo Fuenmayor (2009-2011), Alfredo Rincón Rincón (2011-2013), Jorge Sánchez Meleán (2013-2015 y 2015-2017), Jesús Ángel Semprún Parra (2017-2019), y Juan Carlos Morales Manzur (2019-2021).

Se inició el camino de incorporar o fundar centros históricos en los municipios; el Centro Histórico de Cabimas, que posee una trayectoria importante, ha sido el pionero en incorporarse. 

Además ha establecido convenios con otras academias del país, comenzando con la Academia de Historia del Táchira, apareciendo la lista de sus miembros de número en el Boletín de la del Zulia. Creó la Orden “Juan Besson” y otorgada por primera vez al historiador Germán Cardozo Galué (2015) y el Premio de Historia “Agustín Millares Carlo” (2015).